La majorité des reliques de Sainte-Geneviève ont été brûlés publiquement pendant la Révolution française, mais quelques petits morceaux survivants, ainsi que le rocher sur lequel reposait son tombeau, sont conservés à St-Étienne-du-Mont.
L'église elle-même sur la Montagne Sainte-Geneviève a commencé à être construite en 1517 et a été achevée en 1627. Les tombes de Blaise Pascal et de Jean Racine se trouvent également dans l'église. Jean-Paul Marat a été enterré dans l'un des deux cimetières de l'église, bien qu'aucun d'entre eux n'existe plus.
Après la Révolution française, l'église a été transformée, tout comme sa voisine le Panthéon, en un sanctuaire de la raison, appelé le "Temple de la piété filiale". C'est également à cette époque que les reliques de sainte Geneviève, patronne de Paris, ont été détruites. Ce qui a été sauvé se trouve dans une petite chapelle de l'église reconsacrée, y compris sa pierre funéraire entourée d'un treillis d'or et certains des restes mineurs de la sainte logés dans un cylindre de verre.
Ses reliques sont très rares, car son corps a été brûlé par les Révolutionnaires en 1793. Il y en a une toute petite qui se trouve en permanence derrière son tombeau, mais elle est peu accessible. La grande, qui se trouve dans une châsse portable, à côté du maître-autel, provient du trésor de Notre-Dame de Paris et est « prêtée » tous les ans à Saint-Etienne du Mont. C’est la relique qui se trouvait à Sainte-Geneviève-des-Bois et qui a été déposée à Notre-Dame après la Révolution, après avoir été « reconnue » par un évêque, qui était en fonction avant la Révolution. Pendant la « neuvaine » de sainte Geneviève, il y a chaque jour deux messes, une à 15h et une autre à 18h45, souvent présidées par des évêques : à la fin de chaque messe, on peut s’approcher pour vénérer la grande relique et la baiser.
L'escalier à double colimaçon avec le grenier au-dessus s'appelle un jube. Il s'agit d'un type de jubé qui, à l'origine, séparait les laïcs du maître-autel. Celui-ci a été installé en 1530 et créé par Biart le Père. La plupart des jubés ont été supprimés pendant la Contre-Réforme ou après Vatican II. C'est le seul exemple qui subsiste à Paris.
